Die Anfänge der Wallfahrt von Maria Seesal gehen auf das Jahr 1863 zurück und liegen einem Traum der Notschullehrerin Helene Wochner zugrunde. Das Gnadenbild an Stelle der heutigen Ursprungskapelle war erst an einem Holzkreuz befestigt, darauf folgte eine Holzkapelle und dann die 1872 geweihte Ursprungskapelle. Peter Lehner, ein Urenkel der der Helene Wochner, wurde schließlich zum Erbauer der heutigen Wallfahrtskirche. Die 1905 eingeweihte Kirche lässt sich keiner historistischen Stilrichtung eindeutig zuordnen und stellt am ehesten eine Mischung aus Neorenaissance und Jugendstil dar.

2023 wurde das Kircheninnere nach einem Konzept von Malermeister Andreas Lengauer aus Gresten gründlich renoviert. Die Raumschale zeigt sich in hellem Gelb, Gesimse und Pilaster sind in freundlichem Ockerton marmoriert, und an der Deckenzone geben Stuckrahmen den Blick auf die Wolkenlandschaft des Himmels frei. Über dem Altar erscheint im Strahlenkranz die Taube des Heiligen Geistes, und im Kirchenschiff zeigen am Gewölbeansatz Deckenbilder links vorne die Verkündigung des Herrn und gegenüber Maria Heimsuchung. Dahinter sind links die Geburt Christi und rechts Maria Himmelfahrt dargestellt.

Der aus der Zeit um 1790 stammende nüchterne Aufbau des heutigen Hochaltars stand einst in einer Seitenkapelle der Wallfahrtsbasilika Sonntagberg. Das Gnadenbild zeigt die gekrönte Gottesmutter in kostbarem Gewand auf einer Mondsichel stehend und ist von einem Stoffbaldachin umgeben. Vor diesem Aufbau steht ein großer, durch qualitätvolle Rocailleformen geschmückter Rokokotabernakel der in der 2. Hälfte des 18. Jh. Die Kanzel stammt ebenso wie das neuromanische Kommuniongitter aus der Bauzeit der Kirche. Über den beiden Seitenaltären ist links der Hl. Josef mit Jesuskind und Lilie und rechts eine Herz-Jesu-Statue aufgestellt – zwei schwere Gipsfiguren um 1900. Darunter steht am linken Seitenaltar eine Schutzmantelmadonna vom Ybbsitzer Bildhauer Christian Fahrenberger und am rechten Seitenaltar eine ausdrucksstarke, holzgeschnitzte Pieta, die 1948 von Hilde Uray wurde. Die Kreuzwegbilder in der Art des Albrecht Altdorfer sind auf Papier gemalt. Die mechanische Orgel mit 8 Registern wurde 1984 von der Orgelbauanstalt St. Florian geliefert. Seit 2008 erklingt aus den Türmen ein vierstimmiges Bronzegeläute, das von der Firma Perner in Passau gegossen wurde.